Jeg benytter GMail via IMAP, og hos mig virker det som det skal.
Læser jeg en mail på min iPhone, er den også læst når Apple Mail automatisk henter mail fra GMail serveren - alt foregår automatisk uden at jeg behøver at gøre noget (sat den til at sync'e hvert minut).
Du kan evt. prøve at stå på din inbox og så vælge "Mailbox -> Rebuild" - måske er din lokale mail ikke helt i sync ??